墨玉县有14个乡、2个镇,分别是喀拉卡什镇、喀尔赛乡、奎牙乡、扎瓦乡、阿克萨拉依乡、乌尔其乡、托胡拉乡、萨依巴格乡、加汗巴格乡、普恰克其乡、芒来乡、阔依其乡、雅瓦乡、吐外特乡、英也尔乡、喀瓦克乡。
墨玉县,1919年置县,因喀拉喀什河而得名。喀拉喀什系维吾尔语,黑玉、墨玉之意。《钦定皇舆西域图志》作哈喇哈什,《新疆识略》作哈拉哈什。
墨玉县东以喀拉喀什河为界与和田县、洛浦县相望,西临戈壁与皮山县接壤,南抵喀喇昆仑山北麓,北入塔克拉玛干大沙漠与阿瓦提县相邻。
墨玉县位于新疆维吾尔自治区西南部,行政区域面积25608平方千米。地理坐标为北纬36°36′~39°38′,东经79°08′~80°51′,海拔1120~3663米。