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南开历任校长有张伯苓、杨坚白、杨志行、王淑玲、纪文郁等。
1、张伯苓
张伯苓，原名寿春，字伯苓，后以其字行世，天津人，中国现代职业教育家，私立南开系列学校创办者。西方戏剧以及奥运会的最早倡导者，被誉为“中国奥运第一人”。张伯苓把教育救国作为毕生信念，先后创办南开中学、南开大学、南开女中、南开小学和重庆南开中学等。
2、杨坚白
南开大学的第二任校长。杨坚白，天津人，著名经济学家、统计学家、中国社会科学院经济所研究员。1933年毕业于燕京大学国文系。曾在天津南开中学、耀华中学任教。建国后，历任南开中学校长。
3、杨志行
杨志行，直隶（今河北）丰润人。1920年出生于一个农民家庭，1947年加入中国共产党。1948年毕业于清华大学中文系，之后到天津南开中学任教。建国后，历任天津南开中学校长、天津市教育局副局长兼南开中学校长、国家教委视导员。
4、王淑玲
王淑玲是南开大学的第四任校长，1984年，南开中学第四任校长王淑玲接过前任校长的接力棒，她说：“作为首批全国重点中学，教育部对学校寄予了做好中学教育创新突破的厚望，我们相当于当时教育领域的‘深圳’。”
5、纪文郁
南开学校由著名爱国教育家严范孙和张伯苓创办，是南开系列学校(现有一所大学、三所中学）的前列，第四任校长王淑玲，第五任校长纪文郁。
南开大学历任校长 张伯苓（1876-1951），1919年至1948年出任南开大学校长。
张伯苓，名寿春，以字行，汉族，1876年4月5日生于天津。南开大学创办人，亲任校长30年。1937年日军炸毁南开后，与北京大学、清华大学在昆明合组国立西南联合大学，与梅贻琦、蒋梦麟共同担任联大常务委员，并先后担任保定高等学堂总教习、清华学校教务长、直隶女子师范校长、北京师范大学董事、齐鲁大学董事长、东北大学校务委员会委员、中华全国体育协进会理事长及国民参政会副议长、考试院院长等职。
早年毕业于天津北洋水师学堂，接受西方近代科学知识。服务海军期间，亲历帝国主义列强侵占中国领土和清朝政府的腐败无能，决心教育救国，创办新式教育，遂弃戎从教，在天津严修家馆教授西学。以后，积极仿学日本、美国教育，倡办新式学校，联合严修等地方著名人士捐输财力，先后创办私立南开中学、南开大学、南开女子中学和南开小学等。1936年在四川重庆成立南渝中学（后改名重庆南开中学），主掌上述系列学校之校务，使南开成为中国近代教育第一个成功的范例，为国家培养出一大批杰出人才。
张伯苓始终坚持爱国主义办学思想和实践，强调“德育为万事之本”，德、智、体、美四育并进，手订“允公允能，日新月异”校训，教育学生“尽心为公，努力增能”，培养爱国为公、服务社会的人才。反对照搬欧美教育制度，主张学习西方先进教育思想结合中国实际，以“解决中国问题为教育目标”，为探索适合中国国情的教育模式作出重要的贡献。
张伯苓以倡导爱国教育和重视学校体育，为教育界所钦敬，积极推进全民健身和全国竞赛活动。建国前历任各届全国运动会总裁判长，因教育成就卓著，先后被授予国家奖赏及上海圣约翰大学、美国哥伦比亚大学等校名誉博士。
1951年2月23日因病在天津逝世，享年75岁。1986年中国人民政治协商会议全国委员会和国家教育委员会联合举行张伯苓诞辰110周年纪念大会，***题词：“绩著南开，教泽广布”，彭真题词：“兴办学校，改革封建落后教育的民主主义爱国教育家”。南开大学敬塑张伯苓铜像，以资永怀。
何廉（1895-1975），湖南邵阳人，1948年出任南开大学代理校长，著名经济学家。
1919年赴美留学，耶鲁大学博士。1926年回国任南开大学商科财政系和统计学教授。翌年，以“研究社会经济以促进本国学术的进步”为宗旨，成立南开大学社会经济研究委员会，后改名南开大学经济研究所。1931年任南开大学经济学院院长，积极推进经济学教学“中国化”，主张“教学与研究相辅而行”，率先倡导开展中国社会经济的研究，带领并组织研究人员研究中国物价统计，编制并公开发表各类物价和生活指数，受到国内外研究机构的高度重视。同时，领导了对山东、河北向东北移民问题的研究。何廉被誉为“在国内最早引入市场指数之调查者”和“我国最早重视农业的经济学家”。
30年代后期，转入国民政府行政院任职，继续主持和关心南开经济研究所的研究工作。抗日战争胜利前后，积极参与南开大学复校工作。1947年赴美，任普林斯顿大学高级研究所访问学者，后任美国哥伦比亚大学教授。1975年病逝于纽约。
杨石先（1897-1985），男，1949年至1950年任南开大学校务委员会主席，1957年至1969年、1979年至1981年出任南开大学校长。
蒙古族，著名的化学家和教育家。1897年1月8日生于杭州（祖籍安徽怀宁）。1910年考入清华留美预备学校。1918年和1929年两次赴美留学，先后在康奈尔大学和耶鲁大学攻读化学，1931年获耶鲁大学博士学位。回国后受聘于南开大学，历任南开大学教务长、校长、名誉校长；曾当选第一至第五届全国人大代表，第五、六届全国政协常委，担任中国科学院学部委员、化学部主任，国家科委化学组组长，中国化学会理事长，全国科协副主席，天津市科协主席等职。1953年参加中国民主促进会，曾任民进天津市主委。1960年加入中国共产党。
杨石先教授长期从事有机化学的教学和科学研究工作，培育了一大批科学人才，其中10余人被选为中国科学院院士。在农药化学和有机磷化学研究领域，先后发表了《有机磷杀虫剂的研究》（1-8），以及有关植物刺激剂、杀菌剂研究的学术论文40余篇，研制了杀虫剂久效磷、除草剂燕麦敌、杀菌剂、叶枯净等十几种新农药；并著有《有机磷化学进展》，译有《国外农药进展》等专著，为我国农药科学发展进行了开拓性工作。
杨石先教授长期担任学校行政领导工作。建国后，为南开大学的改造、调整和发展作出了重大贡献。在办学指导思想上，重视学生德、智、体全面发展，强调基础理论教育，较早提出高等学校应担负教学、科研双重任务。1962年在南开大学亲自创建了我国高等学校中第一个化学研究机构──元素有机化学研究所。重视学校的行政管理和办学条件的建设。在他的领导下，南开大学成为我国教育和科研体系中一支重要力量。
臧伯平（1913－），男，汉族，又名臧树棠，河北省唐县人，1978年出任南开大学校长。
早年就学于保定第二师范、北京民国大学国文系。历任唐县县委书记、灵寿县县长、第四专员公署专员、石家庄市市长。建国后先后担任河北省建设厅厅长、中央第二机械工业部七局局长、北京航空学院党委第二书记，1964年调任南开大学党委书记，1978年任南开大学校长，1979年任教育部副部长，并连续两届担任全国政协委员。
臧伯平长期担任高等学校党政领导工作，努力贯彻党的教育方针，潜心研究高等教育理论，熟悉高校工作，积累了丰富的办学管理经验。工作作风扎实，密切联系群众，关心师生职工生活，强调教师教书育人和师生思想政治工作，坚持培养德才兼备的人才，为社会主义建设服务。担任教育部副部长期间，为推进全国职工教育、民族教育，以及建立高等教育自学考试制度作出了贡献。
臧伯平工作之余，先后发表长篇小说《破晓风云》、诗集《步尘小集》、回忆录《七月风暴》和《足痕》等作品。
滕维藻（1917－2008），男，汉族，著名世界经济学家，国家级有突出贡献专家，教授，世界经济博士导师。1981年10月至1986年1月出任南开大学校长。
1917年1月12日生于江苏省阜宁县。1942年从浙江大学农业经济系毕业，考入西南联大研究院南开商科研究所经济学部，1944年获经济学硕士学位。1946年受聘南开大学任教至今，历任金融贸易系主任、经济研究所所长、副教务长、副校长、代理党委书记、校长。现任南开大学顾问、国际问题研究中心主任，中国美国经济学会会长，中国世界经济学会副会长，国务院学位委员会学科评议组经济组召集人等职务，并曾被联合国经社理事会聘请为跨国公司委员会高级顾问，是我国被选担任该职的第一位专家。
滕维藻教授长期从事世界经济和跨国公司的教学与研究工作。40年代，发表了多篇评介西方金融演说和探索中国工业化道路的文章。60年代开创学校大洋洲经济研究，为我国研究外国经济填补了一项空白。此后，编撰《美元霸权地位的垮台》、《日本经济畸形发展》、《澳大利亚经济》、《跨国公司剖析》等著作。
滕维藻教授担任南开大学校长期间，为把学校工作重点转移到以教学、科研为中心的轨道上来，把学校办成教学和科研两个中心做出了积极的努力；学校恢复和新建了一批国家急需和薄弱、短缺专业，初步形成了多形式、多层次培养高级人才和科学研究的大学。
中华人民共和国人事部授予滕维藻教授有突出贡献的专家称号。
母国光（1931-），男，汉族，1986年1月至1995年8月出任南开大学校长。
著名光学家，国家级有突出贡献的专家，教授，光学仪器博士生导师。1931年生于辽宁锦西，1952年毕业于南开大学物理系，留校任教。曾任南开大学校长兼研究生院院长和现代光学研究所所长；兼任中国科学院应用光学国家实验室主任，中国光学学会理事长、中国计量学会副理事长、中国仪器仪表学会副理事长、大学国际联合会常务理事、国际光学委员会副会长、中国科学院院士、第三世界科学院院士等职；第七、八届全国人大代表。
任校长期间，在保持和发扬南开传统优势和特色的同时，强调遵循教育自身规律，主动适应经济建设和社会发展的需要，提高学校整体水平和办学效益，提出“社会主义为方向，学科建设为龙头，深化改革为途径，提高质量为目的”的工作思路，学校的教育质量和综合实力明显提高，各项事业有较大发展，为使南开大学接近和达到世界一流大学奠定了坚实基础。
母国光教授长期从事光学和应用光学的科研和教学，在国内外核心刊物上发表论文70余篇，取得重大成果10余项，主要代表著作《光学》。他的白光光学处理、光学模式识别、彩色胶片的档案存贮、黑白片作彩色摄影、假彩色编码及光学神经网络等研究得到国家级奖多项和国际光学界的普遍承认。
1988年获日本国立命馆大学名誉理学博士，1990年和1991年先后当选为美国光学工程学会的Fellow，中华人民共和国人事部授予母国光教授有突出贡献的专家称号。
侯自新（1941-），男，出生于中国天津市。1967年南开大学数学系研究生毕业，南开大学数学教授，加拿大蒙特利尔大学名誉博士。1995年至2006年5月任南开大学校长。
侯自新教授曾任南开大学数学系主任、校长助理、副校长、研究生院院长、中国数学学会副理事长、天津市学位委员会副主任，九届-十届全国人民代表大会代表，天津市十四届人民代表大会常务委员会委员。现任中国高等院校数学研究与高等人才培养中心主任、中国老教授协会副会长、天津市教育发展基金会副理事长。
侯自新教授多年从事李群、李代数及齐性空间微分几何等方面的研究与教学工作。研究解决了一些长期未能解决的数学问题，如：明确给出了实半单李代数的Weyl群的结构，完满地解决了这个长期未能解决的课题；对半单齐性流形上凯勒结构及仿凯勒结构问题的研究也做出重要贡献。已在《中国科学》、《Journal of Algebra》等国内外核心刊物上发表论文三十余篇。被美国、德国的“数学评论”聘为评论员。国家自然科学基金重点项目“李群及其表示理论”的项目负责人，国家自然科学基金委数学天元基金学术领导小组、第十届数理科学部专家评审组成员。已先后培养博士研究生、硕士研究生二十余人。
侯自新教授于1990年、1998年先后获得国家教委（教育部）科技进步三等奖，1992年获天津市中青年授衔专家—李群专家称号，2000年获天津市教学成果二等奖。2004年获加拿大蒙特利尔大学名誉博士学位。2005年获国家高等教育教学成果一等奖，天津市教学成果一等奖。南开大学现任校长 饶子和，男，汉族，分子生物物理与结构生物学家，中国科学院院士，第三世界科学院院士，中国科协常委、中国生物物理学会理事长、国际纯粹与应用生物物理联合会（IUPAB）理事会执行理事。主要从事与重要病毒和肿瘤相关的蛋白质结构、功能以及创新药物的研究，取得了一系列重要成果，在国际学术刊物上发表学术论文180余篇，申请专利8项。因在线粒体膜蛋白复合物Ⅱ的三维精细结构的突破性的研究成果，荣获“陈嘉庚科学奖”；又因在SARS基础研究中的卓越贡献而获得第三世界科学院最高奖——“的里雅斯特科学奖（Trieste Science Prize）”。
1950年9月出生于江苏南京，1977年毕业于中国科学技术大学，1982年获中国科学院研究生院硕士学位，1989年澳大利亚墨尔本大学医学院生物物理与结构生物学专业博士研究生毕业。1992年任牛津大学分子生物物理实验室研究员，1996年任清华大学生物科学与技术系实验室主任，1999年任清华大学生物物理与结构生物学研究所所长，2000年任清华大学“蛋白质科学”教育部重点实验室主任，2001年6月加入中国共产党，2003年被评为中国科学院院士并任中国科学院生物物理研究所所长，2004年兼任清华大学生命科学与医学研究院副院长，2006年5月26日起接替侯自新任南开大学校长，2006年12月19日被聘为天津国际生物医药联合研究院首任院长。
主要学术成就：在《Nature》上发表了SIV-MA的晶体结构，首次提出HIV及其家族分子的装配模型；在《Cell》上发表了H Factor Ⅸ EGF-like Domain与Ca＋＋结合复合物的结构与功能研究结果，揭示了该复合物的生物学机理；在2003年SARS爆发期间，成功地解析出第一个SARS病毒的蛋白质－3CLPRO及其与抑制剂复合物的晶体结构，为抗SARS药物的发现奠定了重要的结构基础，论文在《PNAS》上发表。其研究组已经系统地表达出200余个与人类健康密切相关的重要蛋白质，解析出50多个重要蛋白质的结构。
