生信零基础，如何进行蛋白质组学分析？

众所周知，生物体的表型由 DNA、RNA、蛋白质及代谢物等各个层面调控决定，基因组、转录组、蛋白组和代谢组等多组学联合分析已成大势所趋。 mRNA 研究可以获得样本之间差异基因、复杂调控网络，而基因与表型不能直接关联，难以鉴定控制关键途径的结构及调控基因。 蛋白质是生理活动的执行者，是生命现象的直接体现者，蛋白质组学的研究将直接阐明生命在生理或病理条件下的变化机制。 同时结合mRNA的研究可以比较分析基因在转录和翻译不同水平的调控机制。

对于蛋白质组学研究，首先通过质谱实验部分，得到蛋白质的定性和定量结果，而接下来蛋白组数据进行信息分析，最终决定了文章框架的构思和生物学问题的阐述，那么今天大神和大家分享一下，生信零基础的科研小伙伴，如何快速进行蛋白质组学生信分析？ 瞅一瞅，分分钟变大神哦！

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蛋白组云分析平台是什么？

百迈客云提供专业的生信分析平台（http://www.biocloud.net/），最新上线的蛋白质组云APP兼具标准分析、联合分析和个性化分析功能，同时海量在线资源以供学习和使用。

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蛋白质组APP如何使用？

首先，您需要 登录到百迈客云平台网址（http://www.biocloud.net/） ，点击 全部导航->分析->农学 ，在农学分析各平台右侧选择 蛋白质组分析平台 ，如下图：

点击，选择打开软件

打开软件之后，蛋白质组信息分析开始了，首先输入 项目名称 ，用于区分不同的分析项目

正式分析开始了哦，总共分3步：

第一步

在蛋白质组鉴定文件中导入质谱检测得到的蛋白质鉴定表格

文件的格式如下：

然后选择蛋白数据库，蛋白数据库指的是搜库蛋白质使用的数据库，一种直接选择Uniprot，如下图：

另一种选择转录组构建的蛋白数据库，如下图：

当选择转录组数据建库时，还需要输入注释文件，如下图，其中包含７个sheet，输入文件的Sheet的名称和内容格式需要和示例完全一致。

第二步

综合选项选择，包括KEGG注释物种分类、分析报告名称、物种名称

KEGG注释分类：根据我们所分析的物种选择相对应的分类，这样方便我们得到更准确的注释结果。

第三步

设置差异分析的条件： 包括差异倍数、T检验p值、以及差异分组

在进行分组设置时，我们可以自由添加分组，设置自己的组名，并在组名之后添加用于差异分析的样品。

最后点击提交，半个小时即可轻松完成11项标准分析内容，如下图：

听了小编一说是不是觉得很神奇，那就赶快动动手指头，点一点、学一学吧！当然除了以上标准分析，云平台可以进行深入的个性化分析以及多组学联合分析（蛋白质组和转录组联合、蛋白质组、代谢组和转录组联合），下期大神教小白如何进行个性化和联合分析哦，期待一下吧！

和大神学分析，是不是很简单.......

不要迷恋哥，哥只是一个传说.......