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为推动少年军校这一教育形式的健康发展，使之逐步走向系统化、正规化和科学化的轨道，全国少工委于1996年决定成立中国少年军校总校。中国少年军校总校由团中央、全国少工委、解放军总政治部、教育部、公安部、武警部队、国家国防教育办公室等相关部门组成，是围绕全国基层少年军校开展工作的管理和服务机构。
2001年2月28日，中共中央政治局委员、中央军委副主席、国务委员兼国防部长迟浩田上将担任中国少年军校总校名誉校长。
2001年2月28日，中共中央政治局委员、中央军委副主席、国务委员兼国防部长、中国少年军校总校名誉校长迟浩田上将为中国少年军校总校题写校名。
2001年4月28日，《中华人民共和国国防教育法》颁布实施，“少年军校”活动被写入第二章第十四条。
2004年5月，中国少年军校总校校长由团中央书记处常务书记、全国少工委主任赵勇同志担任。
2006年4月，中国少年军校总校校长由团中央书记处常务书记、全国少工委主任杨岳同志担任。
2009年4月，中国少年军校总校校长由团中央书记处书记、全国少工委主任罗梅同志担任。
中国少年军校总校直属全国少工委领导，归口中国少先队事业发展中心管理，其主要职能是：
（1）贯彻《中华人民共和国国防教育法》，广泛发动、引导、组织少年儿童开展以爱国主义教育为核心，以国防教育为主题的少年军校活动；
（2）制定全国少年军校发展规划及阶段性工作计划，指导全国各类少年军校开展爱国主义、集体主义和社会主义为主要内容的体验教育活动；
（3）开展争创“全国少年军校示范校”活动，负责制定和完善《中国少年军校示范校管理实施细则》，加强全国少年军校正规化建设；
（4）举办“全国少年军校检阅式”，评选、表彰“全国优秀少年军校工作者”；
（5）制定实施全国少年军校管理规则和考核评估标准；
（6）加强对少年军校总校办公室的领导，提高工作人员素质，更好地为少年军校和广大少年儿童服务。
