玛卡是一种一年生草本植物。其地下部分的块状根茎,长10至14厘米、直径在最宽部分3至5厘米,周长为15厘米;形似小萝卜,自然界发现有两种类型的颜色,黄色和紫色,质地稠密具有一定硬度。
植物的须根呈白色,长达15厘米,在各个方向上大量延伸。
叶子的长度为20至23厘米,具齿痕,叶形二回羽状分裂,长8至13厘米,宽3厘米,生长垂向地面。叶柄很结实,可达到的长度超过10厘米,二级茎形成分支,长10到16厘米。
玛卡是独行菜属中唯一生有肥厚的下胚轴的物种。下胚轴与根融合,形成了一个粗糙倒梨形的块根。
玛卡根部的形状和体积差距很大,有三角形、椭圆形或矩形。
玛卡的下胚轴可能呈金色或者淡黄色、红色、紫色、蓝色、黑色或者绿色,黑色是被公认的效果最好的玛卡。
与秘鲁出产的黑玛卡相比,丽江出产的黑玛卡色泽更黑。
每一株都被认为是独特的基因品种,特别的性状(主要指根的颜色)会根据其不同营养和治疗特性而被特别的人工选培育。