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温州市中医院创建于1923年，医院前身是由工商界开明人士蔡冠夫、陈子明、陶履臣等人筹款创办的“专以施医施药救济贫病者为宗旨”的医疗慈善机构——永嘉募办普安施医施药局。
经过近百年的发展，医院现系国家三级甲等中医医院，全国“文明单位”、省级“平安医院”、“绿色医院”，承担浙南地区中医医疗、教学、科研、培训、养生、保健等任务，具有较高的学术水平和良好的社会声誉。
医院现有职工1600余人，总占地面积112.77亩，建筑面积13.39万平方米，拥有六虹桥、景山、水心、大士门、怡福共五个院区,总开放床位超过1400张。
2015年11月，组建成立温州市中医医疗集团，其中下属紧密型专科医院：文成县中医院、洞头区中医院；2018年3月，全面托管泰顺县中医院。
医院各大院区的功能定位为：六虹桥院区以综合医疗服务为主；水心院区定位为中西医结合妇产科医院；景山院区、怡福院区定位为康复中心；大士门院区与上海复星集团合作建立温州老年病医院。
2004年医院成为浙江中医学院、温州医学院和江西中医学院的教学医院，2008年成为浙江中医药大学附属医院，2015年成为福建中医药大学附属医院。
2007年被列为浙江省中医药攀登工程名院建设单位，中医妇科、肾病科、肝病科被列为名科建设对象。
医院学科地区辐射性强，现有国家级重点专科4个——中医妇科、肾病科、康复科、神志病科；省中医重点学(专)科5个——中医妇科、肾病科、中西医结合老年康复科、肝病科、针推康复科；市级重点学科群4个——老年病学科群、康复医学学科群、心脑血管学科群、骨伤学科群；市级重点学科8个——心脑血管科、康复科、骨伤科、中西医结合乳腺病科、中西医结合消化内科、中西医结合肿瘤内科、针灸推拿科、检验科，保持了在本地区中医药发展建设中的领先地位。
