1994年11月24日起,朱令开始出现奇怪的中毒症状:起先是肚子疼,吃不下饭;接着(12月5日)胃部不舒服;最后(12月8日)她的头发开始脱落,并在几天内掉光。12月23日,朱令入住北京市同仁医院消化内科病房,虽然没有查出病因,但住院一个月以后,朱令的病情得到缓解,并长出了头发,于1995年1月23日出院。
1995年2月20日,寒假结束,新学期开始,朱令返校。
1995年3月6日,朱令的病情恶化,她的腿疼痛很厉害,并感到眩晕,朱令父母将其送往北医三院求治。
1995年3月9日,朱令父母带朱令到协和医院的神经内科专家门诊,李舜伟教授接诊后,告诉朱令的母亲“太像60年代清华大学的一例铊盐中毒病例了”。但是由于朱令否认有铊盐接触史,并且协和医院不具备做该项化验的条件,协和医院没有进行铊中毒的检测。
1995年3月15日,她的症状加重,开始出现面部肌肉麻痹、眼肌麻痹、自主呼吸消失,朱令住进协和医院的神经内科病房,协和医院按照急性播散性脑脊髓神经根神经炎诊治。
1995年3月23日,朱令中枢性呼吸衰竭,协和医院采取了气管切开术。
1995年3月24日,协和医院开始对朱令采取血浆置换疗法,前后8次,每次均在1000毫升以上,有些人认为这对未确诊的情况下维持朱令的生命起到了重要的作用,但在这个过程中,朱令感染上了丙肝。
1995年3月26日,朱令被送入协和医院的重症监护室(ICU),依靠呼吸机维持呼吸。
1995年3月28日陷入昏迷状态,直到8月31日苏醒,朱令共昏迷长达5个月。
协和医院对朱令进行了多项检测(包括艾滋病病毒HIV,脊髓穿刺,核磁共振,免疫系统,化学物质中毒,抗核抗体,核抗原抗体和莱姆病等),但除了莱姆病以外,其它项目的化验结果皆为阴性。 1995年4月10日,朱令的高中同学、北京大学力学系92级学生贝志城、蔡全清等人当时将这种不明的病症翻译成英文,通过互联网向Usenet的sci.med及其他有关新闻组和Bitnet发出求救电子邮件。之后收到世界18个国家和地区回信1635封(一说超过2000封,贝志城说超过3000封),其中约三分之一的回复认为这是典型的铊中毒现象。圣裘德儿童研究医院的医生在回信中指出“疑似铊中毒,认为根据头发脱落、胃肠道问题和神经问题等症状几乎可以确诊”。由于当时中国互联网不发达,海外UCLA的Dr. Xin Li 在UCLA的服务器上和Dr. John W. Aldis一起曾帮助创建了 UCLA朱令铊中毒远程诊断网,在朱令铊中毒远程诊断的信息发布和协调上起了关键作用。
1995年4月18日,贝志城拿着翻译好的电子邮件到协和医院重症监护区门口给医生参考,但他认为没有得到积极回应,很少人参看,也没有采纳电子邮件中的铊中毒判断和相应的检测办法,使得当时网上远程诊断的结果没有及时发挥相应的作用。 由于互联网上的回信怀疑是铊中毒,当朱令父母得知北京市职业病卫生防治所的陈震阳教授可作做铊中毒鉴定后,在一位有良心的协和医生暗中帮助下,取得朱令的尿液,脑脊液,血液,指甲和头发,于1995年4月28日来到北京市职业病卫生防治所进行检验。当天,陈震阳即出具了检测报告,认为朱令为两次铊中毒,第二次中毒后朱令体内铊含量远远超出致死剂量,并怀疑有人蓄意投毒,同时建议服用普鲁士蓝解毒。
根据互联网的反馈以及陈震阳1995年4月28日的化验结果,朱令开始服用对症药普鲁士蓝,服用当天,血液中的铊离子浓度开始下降,这是朱令到协和医院求诊的第50天,一个月后(一说10天),体内的铊被排出。但是,由于铊离子在体内滞留的时间太长,朱令的神经系统遭到严重损害,视觉几乎完全丧失,肌体功能也受到严重损伤,且仍处在昏迷中。
1995年8月31日,朱令从长达5个月的昏迷中苏醒。1995年11月,朱令从协和医院出院,转入其他医院和康复中心接受治疗。