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水生生物是水域生态的重要组成部分，也是江河湖泊健康状况的终极指标，长江的水生生物情况不容乐观。马毅介绍，长期以来，受拦河筑坝、水域污染、过度捕捞、航道整治、挖沙采石等高强度人类活动的影响，长江流域生态环境遭到严重破坏，导致白鱀豚、白鲟、鲥鱼功能性灭绝，中华鲟、长江鲟、长江江豚极度濒危，珍稀特有物种全面衰退，经济鱼类资源接近枯竭。
为破解长江“无鱼”之困，长江保护法从流域的整体性、系统性出发，提出了建立流域协调机制、严格规划管控、规范资源利用、防治水污染、推进水生态修复、鼓励绿色发展等一系列举措，多数条款都直接或间接涉及长江水生生物保护，充分体现了长江保护法的“保护”特点。马毅指出，同时，长江保护法明确要求农业农村部会同有关部门和沿江地方人民政府，建立健全生物多样性保护标准体系，制定珍贵、濒危水生野生动植物保护计划，组织开展长江流域水生生物完整性指数评价，加强水生生物重要栖息地保护，禁止天然渔业资源生产性捕捞，加大对有关违法行为的责任追究和处罚力度，为长江水生生物保护提供了强有力的法律支撑。
“下一步，农业农村部将认真宣传贯彻落实长江保护法，会同有关部门和沿江地方人民政府科学规划、统筹布局、系统治理、重点修复，全面落实长江水生生物保护要求。”马毅介绍了农业农村部即将采取的举措：
一是贯彻生态优先绿色发展战略。正确处理保护与发展的辩证关系，会同有关部门加强对工程建设、航道整治、岸线利用、挖砂采石、取水排污等涉水活动的论证审批和规范管理，严格限制并努力降低各种人类活动的不利影响。
二是落实珍稀濒危物种拯救计划。实施生物多样性保护工程，开展生物完整性指数评价，督促指导各地落实“十年禁渔”、灌江纳苗、江湖连通、生态调度、增殖放流等保护修复措施，全力扭转长江水生生物资源衰退趋势。
三是健全长效保护管理机制。加快出台《长江水生生物保护管理规定》，稳步推进组织化的大水面生态渔业试点，探索以鱼控草、以鱼抑藻、以鱼净水的生态绿色发展道路，为医治“长江病”、保护母亲河作出积极贡献。
