$A$.氨基乙腈是由分子构成的,而不是由原子直接构成的,故错误;
$B$.由分子结构模型可知,氨基乙腈的化学式为$C_{2}H_{4}N_{2}$,即氨基乙腈中碳、氢、氮原子的个数比为$1:2:1$,故正确;
$C$.氨基乙腈的化学式为$C_{2}H_{4}N_{2}$,一个分子中含有$2$个碳原子、$4$个氢原子和$2$个氮原子,一个碳原子中有$6$个质子、一个氢原子中有$1$个质子、一个氮原子中有$7$个质子,则一个分子中共有$30$个质子,故错误;
$D$.有机高分子化合物的相对分子质量达到几万甚至几十万,而氨基乙腈的相对分子质量为:$12\times 2+1\times 4+14\times 2=56$,故错误.
故选$B$.