冠状病毒都是通过跨物种传播给人类,大部分冠状病毒能够确认自然宿主或者是中间宿主,而2019年出现的新型冠状病毒,虽然与2003年爆发的非典型病毒都属于冠状病毒SARS种,但是新型冠状病毒目前尚未有确定性结论。
其他的病毒,如人冠状病毒HCoV-229E最初来自于蝙蝠,经马皮作为中间宿主,而成为人类传染病。HCoV-OC43最初起源于鼠冠状病毒,经过牛作为中间宿主,而成为人际间传染病。
HCoV-HKU1最初起源于鼠冠状病毒,但是中间宿主尚不清楚。HCoV-NL63最初起源于蝙蝠冠状病毒,中间宿主也不清楚。SARS病毒起源于蝙蝠,中间宿主很可能是果子狸。MERS病毒也是起源于蝙蝠,中间宿主为骆驼,目前新型冠状病毒的中间宿主和自然宿主还没有定论。