ImageJ自动批量细胞计数（附批量处理的方法）

ImageJ是一款强大的软件，它不仅可以自动数出一张图片中有多少个细胞，而且可以自动数出一个文件夹每一张照片中的细胞数量，即批量处理。以下列出两种ImageJ细胞计数的具体步骤，以及批量处理的方法。

工具/原料 ImageJ

细胞图片

方法/步骤 1

第一种：适用于团状细胞计数

用ImageJ打开图片后，

1-1，Image → Type → 8-bit

1-2，Image → Adjust → threshold，弹出Threshold窗口。

1-3，如图，调节这个窗口中间两个横向的滚动条，使图片中的细胞为红色，背景为黑色，其中背景中的红点尽量少而小。其他的不动，然后点apply

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1-4，Process → Binary → Fill Holes，这一步是将细胞中间的洞填满

1-5，Process → Binary → Watershed，这一步是把重叠的细胞从中间分割开。如果你的图片里面没有重叠的细胞，可以跳过此步。

1-6，先看步骤1-7。为了估计最小的细胞面积，可以使用魔棒工具选中一个相对较小的细胞，然后Analyze → Measure计算其面积（弹出的页面中的Area一栏），然后依据其面积估计一个值。这个值可以很小，只要明显比背景的杂点大就行。

1-7，Analyze → Analyze Particles, 弹出Analyze Particle窗口。如图，Size（inch^2）代表筛选细胞面积范围，默认值为“0.00-Infinity”。为了过滤掉背景中存在一些无关而面积很小的点，这里应该把0.00改为细胞可能的最小面积（通过1-6进行估计）。其余参数如图所示，尤其注意不要勾选Clear results。点击OK，弹出多个窗口，细胞数就在Summary窗口中。

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第二种：适用于点状细胞计数

用ImageJ打开图片后

2-1，Image → Type → 8-bit

2-2，Process → Enhance Contrast，弹出Enhance Contrast窗口。如图，Saturated pixels中填0.3，勾选Normalize, 不勾选Equalize histogram，点击OK

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2-3，Process → Find Maxima，弹出Find Maxima窗口。如图，Noise tolerance先填30，output type选Count，其余三个选项勾选第一个和最后一个，不勾选第二个。这时可以看到图片中的细胞都被标记上了，如果有的细胞被标记多次或者没有标记，可以通过调节Noise tolerance的值来调整。点击OK即可得到细胞数。

END

方法/步骤2 1

批量操作多张相似图片

适合对多张相似的细胞图片进行计数。ImageJ将对这些图片进行完全相同的操作。

如果你要处理团状细胞，也就是用第一种方法，那么在批量处理前，你需要提前估计自己所有图片中的细胞面积最小值，估计方法见步骤1-6。

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3-1，将需要进行相同操作的图片复制到同一个文件夹。然后用ImageJ打开任意一张图片。

3-2，Analyze → Set Measurements，弹出窗口Set Measurements。如图，勾选Display label。

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3-3，Plugins → Macros → Record，弹出Recorder窗口。接下来你进行的每一步操作，都会以代码的形式记录在这个窗口。

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3-4，按照第一种方法（需跳过步骤1-6）或者第二种方法一步步进行操作。如果出现误操作被记录下来，直接在Recorder窗口中删除对应的代码，再继续操作即可。

3-5，全选Recorder窗口中的所有代码并复制，然后关闭所有窗口（全都不用保存），只留下ImageJ主程序。

3-6，Process → Batch → Macro，弹出Batch Process窗口。Input选择计数图片所在文件夹，Output选择任意一个无用的文件夹即可，ImageJ会将处理过的图片存入Output选中的文件夹。Output Format和Add Macro Code默认即可。然后将第4步复制的代码粘贴在最大的框中。注意，如果某行代码最前面有两个斜杠（“//”），则需要把每一行最前面的斜杠都删掉。然后点process，ImageJ就会自动对文件夹中所有图片进行相同的处理，并显示结果。结尾有参考代码。

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参考代码：

第一种方法（团状细胞）：

run("8-bit");

setAutoThreshold("Default");

run("Threshold...");

setThreshold(10, 255);

run("Convert to Mask");

run("Fill Holes");

run("Watershed");

run("Analyze Particles...", "size=0.02-Infinity display exclude include summarize record add in_situ");

roiManager("Show All with labels");

roiManager("Show All");

第二种方法（点状细胞）：

run("8-bit");

run("Enhance Contrast...", "saturated=0.3");

run("Find Maxima...", "noise=50 output=Count exclude");

END

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