2000年10月参加总统选举,但以6%低票落败。
2005-2006年,入阁担任工业、贸易和旅游部长。
2006年11月,参加了吉尔吉斯斯坦反政府示威,要求政府进行改革。
2006年12月26日,阿坦巴耶夫强烈反对其他议员提出的解散最高苏维埃(议会)的计划。
2007年3月29日,总理阿齐姆·伊萨别科夫辞职,阿坦巴耶夫被任命为总理。他是中亚第一位反对党总理。
2007年5月11日遭下毒,于土耳其一家医院接受治疗。
2007年10月24日,阿坦巴耶夫内阁宣布总辞职。有观察家称,阿坦巴耶夫辞职是因为他已经成为总统操纵议会选举的障碍。
2010年12月17日 阿坦巴耶夫当选吉尔吉斯斯坦政府总理。
2010年12月17日,阿坦巴耶夫在比什凯克出席吉议会会议。 吉尔吉斯斯坦议会当天深夜对政府总理人选进行表决,社会民主党领袖阿坦巴耶夫最终以绝对优势赢得这一职位。