距今大约1万1千年前,古富士的山顶西侧开始喷发出大量熔岩。这些熔岩形成了富士山主体的新富士。此后,古富士与新富士的山顶东西并列。约2500~2800年前,古富士的山顶部分由于风化作用,引起了大规模的山崩,最终只剩下新富士的山顶。
据估计,距今1万1千年前到8千年前的3000年间,新富士山顶仍在不断喷发出熔岩。此后,山顶部没有新的喷发,但是长尾山和宝永山等侧火山仍有断断续续的喷发活动。
史上关于喷发的文字记载有:公元800年~802年(日本延历19~21年)的“延历喷发”,以及864年(日本贞观6年)的贞观喷发,还有1707年的宝永大喷发,即富士山目前为止最后一次喷发。
1707年(日本宝永4年),富士山喷发的浓烟升到了大气中的平流层,使富士山东南面形成了一个巨大的火山口,即宝永火山口。此次喷发使100多千米外的江户(即今天的东京)都沉淀下了约4cm厚的火山灰,此后仍不断观测到火山性的地震和喷烟,而环绕富士山周围的广阔平原也一直有强烈的火山活动。
宝永山
宝永山(ほうえいざん,Houeizan)是富士山周围最显眼的寄生火山锥,其形成于1707年(日本历宝永四年)。位于富士山东南斜面,标高2693m。在宝永山的西侧,有一巨大的火山口。
地下水
在富士山域降下的雨雪,在地表下形成了地下水脉而涌出,主要有四个景点:忍野八海、白线瀑布、柿田川、涌玉池。