Simone
1998年“弹劾危机”
由于亚特兰大奥运会后参赛队员迟迟未拿到奖金，还有羽毛球联赛的资金分配问题，部分教练和队员开始怀疑队中存在经济问题，再加上对李永波工作作风不满，包括男单主教练李矛、女单主教练李玲蔚在内的多名教练1998年曼谷亚运会前上书有关领导，很重要的一点就是反映李永波的经济问题。
当时国家队的教练，除李永波的双打搭档田秉毅外，全都在联名书上签了名，还有多名主力队员也签了名。之后，训练局公布了调查结果，内容是“李永波个人不存在贪污和挪用公款的问题，他主要负领导和管理不善的责任。” 最终的结果是李玲蔚和李矛选择离开国家队。
奥运让球事件
2012年年7月31日，伦敦奥运会羽毛球女双小组赛A组最后一场比赛中，世界排名第一的中国组合于洋/王晓理以14-21和11-21爆冷不敌韩国组合郑景银/金荷娜，由于双方在场上失误频频，击球不是出界就是下网，比赛时温布利体育馆内嘘声四起。世界羽毛球联合会8月2日下午确认，包括排名世界第一的于洋/王晓理在内，中国、 韩国和印尼的8名运动员为争取半决赛有利排位而消极比赛，决定取消她们的比赛资格 。
尽管国羽在这届奥运会上拿到五块金牌，但李永波还是因此受到了外界比较多的质疑。就在于洋、王晓理被处罚后，李永波公开对此进行了道歉，他说：“作为总教练，确实觉得要向球迷和全国观众说对不起。因为没有真正把中国羽毛球队优秀的拼搏精神充分展现出来，这一点我做的不够。”
似曾有任人唯亲之嫌
李永波曾表示过，渴望在执教生涯培养100个世界冠军，到目前李永波一共培养了81个世界冠军。李永波曾将自己的儿子招进国家队，曾夸下海口盛赞自己的亲生儿子李根很有羽毛球天赋，2016年就有机会拿世界冠军，这也引起了外界对他产生不少质疑。
李根在18岁时成为国家羽毛球二队的队员，主攻双打的他曾经获得世青赛团体冠军、单项第三名。2015年10月李根在参加一档电视真人秀节目时表示自己已经退役，当时他23岁。
