在十三年战争(1454-1466年)之中,波美拉尼亚和普鲁士地区的城镇反抗条顿骑士团,并寻求波兰国王卡齐米日四世的协助。在1466年签订的托伦条约之中,波美拉尼亚和西普鲁士地区成为了波兰的省分王室普鲁士,获得了数个特权,特别是在但泽市。1569年王室普鲁士成为了波兰立陶宛联邦的一部分,保留了普鲁士人的自治政府。另一方面,在托伦条约中降为波兰附庸的条顿骑士团仍然拥有东普鲁士。东普鲁士1525年成为了普鲁士公国的领土,1660年波兰丧失了对此地的宗主权。
1772年大部分的王室普鲁士地区在第一次瓜分波兰之中合并到普鲁士之内,次年成为了普鲁士的西普鲁士省,例外的是并入东普鲁士省的威米亚地区。1793年第二次瓜分波兰之中,但泽这个汉萨城市已经不能靠本身的财富而存活,所以但泽与另一个汉萨城市托伦一同加入普鲁士的西普鲁士。大波兰的一些地区1772年合并到普鲁士,力斯地区1793年亦合并到西普鲁士。
1806年拿破仑战争时期,西普鲁士的南部地区被划分到华沙公国之内。1824年至1878年间西普鲁士和东普鲁士合并到普鲁士省,之后重新分开。西普鲁士1871年成为德意志帝国的一部分。
1919年凡尔赛条约签订后,大部分的西普鲁士地区被割让予波兰第二共和国,该省西部和东部小量地区仍属魏玛共和国。剩余的西部地区1922年组成了波森-西普鲁士,东部地区则成为东普鲁士的西普鲁士地区。
1945年的第二次世界大战的波茨坦会议中,决定将所有前西普鲁士的领土都划分波兰管治。这些地区的德国人口都被驱逐到西面,然后让波兰人迁入。1949年,这些难民建立了非牟利的西普鲁士领土协会.